Kemudian, Soeharto menjadi presiden sesuai hasil Sidang Umum MPRS (Tap MPRS No XLIV/MPRS/1968) pada 27 Maret 1968. Selain sebagai presiden, beliau juga merangkap jabatan sebagai Menteri Pertahanan/Keamanan.
Soeharto pun kembali dipilih untuk memimpin negeri oleh MPR pada 1973, 1978, 1983, 1988, 1993, dan 1998. Pada 1998, masa jabatannya berakhir setelah dirinya mengundurkan diri pada 21 Mei, menyusul terjadinya Kerusuhan Mei 1998 dan pendudukan gedung DPR/MPR oleh ribuan mahasiswa.
Soeharto juga dikenal sebagai orang Indonesia dengan masa jabatan sebagai presiden terlama, yaitu selama 30 tahun.