Sementara itu, persentase penduduk miskin di Papua pada September 2021 sebesar 27,38%, sedangkan di Papua Barat 21,82%. Persentase penduduk miskin ini lebih tinggi dari nasional yang sebesar 9,71%. Namun dari kajian yang dilakukan Kolaborasi Masyarakat dan Pelayanan untuk Kesejahteraan (KOMPAK), persentase penduduk yang hidup di bawah garis kemiskinan di tanah Papua menurun dengan pesat sejak diberlakukannya otonomi khusus.
Tingkat kemiskinan di Papua pada saat mulai diberlakukannya otsus dan dikucurkannya dana otsus pada tahun 2002 sebesar 41,8%. Tingkat kemiskinan ini turun menjadi 26,6% pada tahun 2019. Sebagai perbandingan, dalam kurun waktu yang sama, tingkat kemiskinan Indonesia turun dari 18,2% menjadi 9,2%. Papua Barat juga mengalami penurunan tingkat kemiskinan yang pesat dari 41,3% pada tahun 2006 menjadi 21,5% pada tahun 2019.